一、殺菌滅藻工作原理

    旁流水處理器用于微生物（如菌藻）滋生水質的凈化處理，其原理在于水流經旁流水處理器時，水中的細菌和藻類的生態環境發生變化，生存條件喪失而死亡。具體表現在三個方面：
    任何一種生物都有其特定的生存生物場。電荷在生物體內的分布運動，受到生物體外環境電場變化的影響，從而影響到機體的生命活動。地球上的微生物一般只能適應并生存于地球表面的電場強度（130v/m)中，改變電場強度，可改變或影響細菌（E.Coli）的生理代謝，如基因表達程序，酶活性等，使細菌生存反常，這是導致細菌死亡的原因之一。
    細胞膜有許多通道。通過這些通道，細胞可以同它的周圍聯系。這些通道是由單個分子或分子復合體組成，能夠讓離子通過。離子通道的調節影響細胞的生命和細胞的功能。外電場破壞了細胞膜上的離子通道，改變了調解細胞功能的內部電流，從而影響細菌的生命。含菌液體流過強電場，致使瞬間變化電流通過液體，在導電通路上的細胞被高速運動的的電子沖擊波致死，達到滅菌的目的。
    電場處理水過程中，溶解氧得到活化，產生O2-、·OH、H2O2以及1O2等活性氧（O2-是超氧陰離子自由基，·OH是基自由基，H2O2是過氧化氫，1O2是單線態氧）。活性氧自由基對微生物集體可產生一系列的有害作用，是造成有機體衰老的主要的原因。O2-可損傷重要的生物大分子，造成微生物機體損傷；O2-贈機微生物機體膜過氧化，加速衰老。 

二、防腐工作原理

    活性氧在新管壁上生成氧化被膜，微生物腐蝕、沉寂腐蝕被抑制。

三、防垢、除垢工作原理

    水經過旁流水處理器后，水分子聚合度降低，結構發生變形，產生一系列物理化學性質的微小彈性變化，如：水偶極矩增大，極性增加，因而增加了水的水和能力和溶垢能力。
    水中所含鹽類離子如Ca2+、Mg2+受到電場引力作用，排列發生變化，難于趨向管壁積累，從而防止垢類生成。特定的能場改變CaCO3結晶過程，抑制方解石產生，提供產生文結晶的能量。
    水中懸浮粒子及膠體經過處理后其表面Zeta電位發生變化，脫穩絮凝而趨于沉淀析出。沉淀被水流沖走或排污去除，使水得到凈化。
    處理后水中產生活性氧，活性氧參雜結晶過程，加速膠體脫穩。對于已結垢的系統，活性氧將破壞垢分子間的電子結合力，改變其晶體結構，使堅硬老垢變為疏松軟垢，這樣積垢逐漸剝落，乃至成碎片、碎屑脫落，達到除垢的目的。